Modern dönemde İslam-Batı ilişkilerini etkileyen önemli hadiselerden biri, misyonerlik faaliyetleridir. Hıristiyan kiliseleri misyonerliği inancın bir parçası olarak gördüklerinden, Afrika’dan Çin’e, Latin Amerika’dan Güneydoğu Asya’ya kadar dünyanın her köşesinde misyonerlik faaliyetleri yürütmüşlerdir.( Bugün Batı’da hızla yayılmak istenen İslamafobi bir taraftan sömürü düzenini idame ettirmek diğer taraftan misyonerlik faaliyetlerinin devamını sağlamak içindir.)

Müslüman devletler, Hıristiyan cemaatlerin haklarını güvence altına almakla birlikte misyonerlik faaliyetlerine genel bir ilke olarak izin vermemiştir. Modern dönem öncesinde Müslümanlara yönelik misyonerlik faaliyetleri son derece sınırlı kalmıştır. Asisili Francesco’nun 1212’de Fas’a, 1214’te İspanya’ya ve 1219’da Haçlı ordusuyla birlikte Mısır’a yaptığı seyahatler, bu dönemin en kayda değer misyonerlik faaliyetleri olarak bilinir. Francesco, Mısır’da sultanın huzuruna çıkmış ve onu Hıristiyanlığa davet etmiştir. Bu tür girişimlerin netice vermediğini gören Hıristiyan din adamları ve kilise yetkilileri, farklı yöntemler denemişler, ama yine başarılı olamamışlardır.

Misyoner grupları, İslam ülkelerinin zayıfladığı ve Avrupa devletleri tarafından sömürgeleştirildiği dönemlerde misyonerlik faaliyetlerini yeniden artırmıştır. Almanya, Fransa ve Rusya gibi ülkeler, Osmanlı topraklarında yaşayan Hıristiyanların hamisi olduklarını ileri sürerek hem misyonerlik faaliyetlerine destek olmuş, hem de çeşitli imtiyazlar elde ederek Bâb-ı Âli üzerinde baskı kurmaya çalışmışlardır. 18. ve 19. yüzyıllarda Avrupa sömürgeciliği ve misyonerlik iç içe geçmiş ve birbirini destekleyen unsurlar haline gelmiştir.

Bu açıdan bunun paradoksal bir durum olduğunu ifade etmek gerekir; zira aynı dönemde Avrupa siyasi elitleri aydınlanmanın akılcı, seküler ve din karşıtı öğretilerini esas alıp Kilise’nin geleneksel otoritesine karşı çıkarken, Avrupa dışındaki coğrafyalarda Hıristiyan misyonerlerini desteklediler. Dini manada Hıristiyanlaştırma ve kültürel manada Batılılaştırma, siyasi ve ekonomik alanlarda bağımlılık ve teslimiyet anlamına geliyordu. Böylece Katolik ve Protestan misyonerler son tahlilde Avrupa sömürgeciliğinin siyasi emelleri çerçevesinde hareket ediyordu. Misyonerlik faaliyetlerinin artması, Müslüman ve Müslüman olmayan ülkelerde siyasi ve ekonomik yapıların zayıflaması ile doğrudan irtibatlıydı. Fakat aynı zamanda Avrupa’nın dini tarihinde bir dönüm noktasını da işaret ediyordu: Batı’da dini, entelektüel ve siyasi hâkimiyetini yitiren Kilise, bunu Batılı olmayan dünyaya yayılarak telafi etmek istiyordu.

Avrupa sömürgeciliği ile misyonerlik faaliyetlerinin çoğu zaman at başı gittiğini görmek zor değil. Wen Ching’in “Önce misyonerler, ardından Konsey, sonra da işgalci ordu geldi” ifadesi, bu durumu Çin tarihi bağlamında çarpıcı bir şekilde ortaya koymaktadır. Cezayir’den Hint alt kıtasına ve Güneydoğu Asya’ya kadar İslam ülkelerinde de benzer süreçlerin yaşandığını biliyoruz. Günümüzde de aynı süreçler yaşanmaktadır.